メインのサイトのみwp-cronが動かない

自己解決ですが、原因が分かりました。

wgetでwp-cron.phpにアクセスしたら500エラーが返ってきたので、
phpのエラーログをみたところ、Ktai Styleプラグインのktai_style.phpで
エラーが発生していました。

Ktai Styleプラグインの2.1.0ベータバージョンを使用していたのですが、
エラーが発生している部分を修正したところwp-cronも正常な動作にもどりました。