ユーザー一括登録でおすすめの方法ありますか？

定期的にユーザーを総入れ替えしていますが、件数が多く非常に時間が掛かります。
削除するユーザーのみ管理画面上で手動でポチポチ削除してから追加分だけ取り込めばいいのかもしれませんが、件数の多さから手動で行うと差異が発生しそうでそれもできずにいます。
ユーザー数は数万あり、現在は管理者以外一括削除してから全て取り込み直しているため、CSV取込に30分程度時間がかかっています。
WordPress内で完結するいい方法はないでしょうか？
ユーザーを別管理しLDAP連携する方法は事情によりできませんでした。