一部のパーマリンクが変わらない

よろしくお願いいたします。
パーマリンクの変更についてです。

WP3.5.1で構築しています。
サブディレクトリ「ドメイン/wp/」にインストールし、
.htaccessとindex.phpを書き換えてドメイン直下へコピーしています。

.htaccessは/wp/index.php を　/index.php に書き換えています。
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]

index.php は
require(‘./wp-blog-header.php’);　を
require(‘./wp/wp-blog-header.php’);　へ書き換えています。

また、設定の項目で
サイトアドレス (URL)　を、ドメインだけにしています。

ひととおりサイトが出来上がってきたところで
固定ページのスラッグを任意の英語名にし、
パーマリンクを %postname%　へ変更しました。

すると、トップページからのみ、
パーマリンクがスラッグの英語名に変更されているものと
固定ページの日本語タイトル名のままのものがあり、
404エラーとなります。

・トップページからの固定ページリンク7つのうち、2つだけが書き変わりません。
・トップページ以外からの固定ページのリンクは全て書き変わっています。

なぜこのようなことが起こるのでしょうか。
どなたか同じような現象で解消された方、
ヒントを頂ける方がいらっしゃいましたら、ご教授くださいませ。

今のところ、ページIDではなく、絶対パスでリンクさせています。
よろしくお願いいたします。