一部分の文字化け

解決策とか回避策ではないですが、文字化けではないです。
URLエンコードされているだけかと。

URLエンコード：
URLには日本語は使えないので、日本語を半角英数字や記号に変換する事

URLに日本語をいれたいなら避けては通れないような？

あとは詳しい人におまかせで（ぉぃ

これは仕様ですよね。トラックバックURLをテキストフィールド内に入れればテーマが崩れることもありません。