下層ページのURL前方にドメインアドレスが付くのを解除したい！

新しくサイトを作成しましたが、下層ページドメインアドレス（ディレクトリ部分）が表示されてしまいます。
トップページは正常に表示されるのですが、解除方法はありますか？

正常（トップページ）　　http://aaaaaaaa/
×（下層）　　http://ドメイン.sub.jp/aaaaaaaa/

ドメインはムームードメインを使用しています。
（他に解決にあたり、必要な情報があれば開示します。）

パーマリンク設定で何かあるのかと思い、デフォルト→数字ベースに変更しました。
（数字ベースに特にこだわりはありませんが…）

アドバイスよろしくお願いします。