ルートディレクトリに二つの異なるWordpressのindex.phpと.htaccessファイルを入れることができるのかが、基礎知識がなく色々検索してみてもよくわかりません。
1つのルートディレクトリにindex.phpと.htaccessファイルを2つずつ入れることはできませんが、新たにサブディレクトリを作成し、それぞれ二つの異なるWordPressを入れることなら可能です。その場合は、新たなサブディレクトリをそれぞれのドメインのドキュメントルートとして設定するのが無難です。
root
+-sub-aaa(aaaドメインの公開ドキュメントルート)
+-sub-bbb(bbbドメインの公開ドキュメントルート)
現在のWordPressをsub-aaaに移動する作業が必要ですが、aaaとbbbが並立し、互いに干渉することはありません。WordPressが持つサブドメイン機能やマルチドメイン機能も必要ありません。
参考：複数 WordPress サイトのインストール
作業の手順を間違えると（一時的に）サイトが表示できなくなりますので、十分な理解のもとで行うか、専門の方に依頼してください。
Aobaさま、
さっそくのご回答ありがとうございます。
私の質問の仕方が良くなかったようですみません。
はい、そのようにaaa.comのファイルをサブディレクトリに移動し、bbb.comもサブディレクトリに並列で配置しようと考えているのですが、問題は、せめてaaa.comのほうだけは、サブディレクトリのURLではなくaaa.comでアクセスできるように設定したいのですが、上記の投稿で書いたようなindex.phpを移す等の方法で行って問題ないでしょうか？
bbb.comのほうは、bbb.com/sub-bbb/でのアクセスで全く構いません。
よろしくアドバイスのほどお願い致します。
せめてaaa.comのほうだけは、サブディレクトリのURLではなくaaa.comでアクセスできるように設定したい
現在のサブディレクトリを公開ドキュメントルートに設定した時点で、外部からはサブディレクトリではなくなります。外部から見えるのは、aaaとbbbのいずれも、サブディレクトリではなく独立したドメインの公開ルートディレクトリになります。
もしサブディレクトリを公開ドキュメントルートに設定できない場合は、aaaは移さずにbbbだけをサブディレクトリに入れればbbbへのアクセスは外部からもサブディレクトリ経由で可能です。
外部から見えるのは、aaaとbbbともに、サブディレクトリではなく独立したドメインの公開ルートディレクトリになります。
これは最初におっしゃったように並列でサブディレクトリに設置さえすれば、何もしなくても、共にaaa.com, bbb.comというURL（サブディレクトリが入らないURL）になるという事でしょうか？
よく理解できておらず申し訳ありません。
調べた限りでは、aaa.comをサブディレクトリに移した場合、ルートにindex.phpと.htaccessファイルを移すなどしないと、必然的にaaa.com/sub-aaa/というURLになると思っていたのでURLの変更だけは避けたいため、このような質問をさせて頂きました。
よろしくお願いします。
もしサブディレクトリを公開ドキュメントルートに設定できない場合は、aaaは移さずにbbbだけをサブディレクトリに入れればbbbへのアクセスは外部からもサブディレクトリ経由で可能です。
すみません、今、最後に頂いた返信に、上記の追記があったので読ませて頂きました。
aaaを移さずに、bbbだけをサブディレクトリに入れてbbb.com/sub-bbb/で表示可能という事で了解しました。
念のために、もう一つの選択肢のほう（共に並列にサブディレクトリに設置し、aaaのみindex.phpを移す等の方法でルートディレクトリのURLで表示する方法）が可能かがお分かりあればお知らせ下さい。
これですとまだファイルが整理されているので、可能であればこちらの方法を検討したいと思っています。
説明がわかりにくく申し訳ございません。
まずドキュメントルートとは、外部に公開されるディレクトリを言います。ディレクトリはWebサーバの管理画面で変更できるはずです。現状ではこれがレンタルサーバーでアクセス可能な所謂ルートディレクトリとなっているとのことでした。
例えばこのような感じで、WordPressが入っているはずです。これがaaa.comのドキュメントルートとして設定されています。
/public_html/aaa.com/
このディレクトリには別サイトのWordPress関連ファイルを入れることは不可能ですが、aaaの中に新たなディレクトリを作り、その中に2つ目のWordPressを入れることは可能です。
public_html/aaa.com/sub-bbb/
aaaは一切変更していませんので従来通りaaa.comでアクセス可能です。sub-bbbについては、bbb.comドメインのドキュメントルートを/public_html/aaa.com/に設定するならばbbb.com/sub-bbb/でアクセス可能になります。ただし同時にaaa.com/sub-bbb/でも（WordPressの画面は表示されないようになっていますが）ファイルにはアクセス可能です。
aaaを移さずに、bbbだけをサブディレクトリに入れてbbb.com/sub-bbb/で表示可能という事で了解しました。
これについては上記のようにaaa.com/sub-bbb/でもファイルにアクセスできてしまうので問題だと思います。
そこで最初にご提案したのが、新たなサブディレクトリをそれぞれのドメインのドキュメントルートとして設定する方法です。ディレクトリの配置はご理解の通りです。
/aaa.com/sub-aaa/
/aaa.com/sub-bbb/
ここで以下の点が正確に伝わっていないようです。
並列でサブディレクトリに設置さえすれば、何もしなくても、共にaaa.com, bbb.comというURL（サブディレクトリが入らないURL）になるという事でしょうか？
サブディレクトリに設置しただけでは、そのようにはなりません。Webサーバの管理画面において、それぞれのドメインに対して、該当ディレクトリをドキュメントルートとして割り当てる必要があります。
public_html/aaa.com/sub-aaa/をaaa.comドメインのドキュメントルートに割り当て、public_html/aaa.com/sub-bbb/をbbb.comドメインのドキュメントルートに割り当てる作業が必要です。
aaa.comをサブディレクトリに移した場合、ルートにindex.phpと.htaccessファイルを移すなどしないと、必然的にaaa.com/sub-aaa/というURLになると思っていたのでURLの変更だけは避けたいため、このような質問をさせて頂きました。
/aaa.com/内のファイルをサブディレクトリ/aaa.com/sub-aaa/に移した場合は、WordPress を専用ディレクトリに配置するに記載の通り、ルート/aaa.com/にindex.phpと.htaccessファイルを移すことで、ドキュメントルートを変更せずとも運用可能です。しかしドキュメントルートを変更すれば、この作業自体が不要になります。
もう一つの選択肢のほう（共に並列にサブディレクトリに設置し、aaaのみindex.phpを移す等の方法でルートディレクトリのURLで表示する方法）が可能かがお分かりあればお知らせ下さい。
可能か不可能かで言えば可能ですが、先に記載の通りaaa.com/sub-bbb/でもアクセス可能になりますし、ドキュメントルートを変更できるならばそのほうがより良いと思います。
Aobaさま、
ご丁寧な説明を頂き、ありがとうございます！
お気づきの通り、私はルートディレクトリ＝ドキュメントディレクトリ（同義）だと完全に思いこんでいました。
なるほど、サブディレクトリをそのドメインのドキュメントディレクトリに指定すれば、わざわざindex.phpを移すなどしなくてもaaa.comで表示できるんですね。
頂いた回答を読み直しまして、私が基礎を理解できていないのにドキュメントディレクトリと書いたので、そのあたりを私が理解できてるものとして、最初から適切な指示を頂いていたことがよくわかりました。
何度も重複して説明頂き、お時間をとらせてしまい、本当に申し訳ありません。
その後のご回答もよく理解できました。
最初頂いたご回答の通り、並列でサブディレクトリを作り、それらを、それぞれのドメインのドキュメントディレクトリに指定することにいたします。
素人の質問に丁重にご回答頂き、ありがとうございました。
引き続きなにとぞよろしくお願い致します！
