仮想ディレクトリの扱いについて。

animate.cssを使用しているのですが、
cssファイルをドキュメントルートに入れ、headerファイルにcssファイルを指定しているのですが、ホーム(example.com)では正常に効くのですが 仮想ディレクトリ(example.com/hoge)
になると動きません。

Chromeのデベロッパーツール(F12 or ctrl+Shift+I)でみてみると cssファイルの指定が仮想ディレクトリの時のみ documentroot/hoge.css で指定しているのが documentroot/hoge/hoge.cssになってしまいます。

何か方法はないでしょうか。分かりにくくて申し訳ありません。