修正した新しいphpファイルが反映されません

テーマを自作で作り、テーマフォルダの中に　toppage.php　や　header.php,footer.php , navi.php　固定ページ　など作り全体を構成しておりますが、phpファイルを編集してサーバーにアップしても変更が書き換わらなくて困っております。（phpとcss）
最初はキャッシュかと思い、ブラウザのキャッシュを消したりしていたのですが、他のコンピュータでも同様ですし、IETesterでも書き換えられていないので、キャッシュでもないようです。
ただ、サーバーにアップしたホームページに1度ログインして、「表示する」で確認すると、ちゃんと編集した内容（新しい内容）に差し換わっています。
しかし、ログアウトして、サイトＵＲＬから見ると情報が古いままです。
サーバーの中で確認しても、phpは新しい日付のものがアップされています。
ログインして「固定ベージ」から、修正した各ファイルを見ても新しい内容になっていて、「更新」すると、ログイン画面からの「表示」はちゃんと新しいものになっています。

投稿記事はすぐに反映されているので、データベースでもないのかな、と。
原因がわかれば教えていただけると助かります。
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wordpress2.9 を　wordpress3.1.5にバージョンアップして使っています。
データベースはMySQL5
(最初4だったのですが、5のデータベース作ってwp-configなど書き換えました）
サーバーはロリポップです
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前のバージョンのキャッシュが影響してるのでしょうか？
宜しくお願いいたします。