再アップロードしたけどブログ形式の状態

前任者がサーバーのワードプレスを削除し、ホームページはお休みしていたのですが、復活させるとの事で、私がFTPでバックアップしたものを見つけ、再度アップロードしました。が、きちんと表示されません。
ワードプレスを扱うのがはじめてなので、（html等の知識は少しあります）どういった作りなのか本を見て試行錯誤しております・・・

空のサーバーの中にそのままアップロードしただけでは、きちんと表示されないのでしょうか。
同じサーバーで同じアドレスなので、mysqlというものはさわっていません。
レンタルしているサーバーでphpmyadminのログイン画面があります。

ブログ形式で記事やカテゴリーなど表示されます。（テーマデフォルト）
これをカスタマイズしてホームページ風にしていたと思うのですが・・・ダッシュボードを特にいじっていなければ以前の形状に戻ると思っていましたが、違うみたいです。

いったん削除してしまったが、同じサーバー同じアドレスで再アップロードする場合、
他に何かしなければいけないことがありますか？

あと、ワードプレスを3.0にアップグレードしようと、インストール失敗と出ます。
失敗の原因は、WordPress3.0がMySQLバージョン4.1.2以上を必要とするので、アップデートをインストールできません。 あなたはバージョン4.0.27を実行しています。
というメッセージがでました。
これと何か関係があるのでしょうか。

つたない説明で申し訳ありませんが、わかる方教えて頂けるとうれしいです。