同サーバー上に別WPを追加で設置したい

仕事でWPを扱っており、サイトを追加することになりました。

既存のWPと別ディレクトリに新しくWPをインストールしました。

既存のHP
http://sample.com/←WP2.9をインストール
新規作成中のHP（姉妹店の様なサイトです）
http://sample.com/AAA/manage/←WP4.1
（ルート変更で/AAA/にTOPページが来るように設定）

DBはテーブル接頭辞を変更。
（DBの新規作成を後々試したのですが結局同じ結果になりました）

パーマリンクの設定はどちらも
カスタム構造　/%category%/%postname%.php

テーマ自作

新しい方のHPで
TOPページは問題なく表示されますが、
投稿記事や固定ページは
http://sample.com/AAA/news/投稿記事タイトル.php
や
http://sample.com/AAA/固定ページのスラッグ/
のような形を作りたいのですが、既存のHPの404が返ってきます。
パーマリンク設定をデフォルトにすると表示されますが、それは避けたい状況です。

既存のHPのカテゴリーかページスラッグだと思っているのだと
思うのですが、修正することは可能でしょうか？

WPを触り始めて半年程で、DBがなんとなく何なのかわかってきた程度ですが、
助言頂ければと思います。