子サイトのトップページが親サイトになってしまう

マルチサイト化したwordpressで、サブドメインを使って子サイトを作成していました。
ある時点まで、正しいindex.phpが表示されていたのですが、カスタマイズボタンを押したことをきっかけにテーマが突然デフォルトのものに変わってしまいました。
管理画面から子サイトのテーマそのものが消えてしまっていたので、FTPで一旦削除してから再アップロードを行いました。

するとヘッダーやフッター、子サイトの配下ページは正しく表示されるようになったのですが、トップページ(index.php)のみ、親サイトのものにすり替わって表示されるようになってしましました。

もしかするとその作業の前にmail SMTPの設定を親サイトと同様にしたことが関係しているのでしょうか？

どなたか解決策を教えていただけないでしょうか。どうぞよろしくお願いいたします。