投稿の完全削除の時にアラートを表示したい

以下のような感じでどうでしょう。一括処理の適用ボタン操作は考慮していませんがリンクをクリックした時に確認メッセージを表示させています。
ダメな場合はブラウザのソースを表示でJavaScriptのコードが吐き出されているか確認してから検証してみてくださいね。

functions.php

<?php
add_action('admin_head-edit.php','delete_confirm');
function delete_confirm() {
	if ( is_user_logged_in()) {
		if( isset( $_GET[ 'post_status' ] ) &&  $_GET[ 'post_status' ] == 'trash' ) {
			echo '
				<script>
				jQuery( document ).ready( function( $ ) {
					$( "a.submitdelete" ).click( function() {
						if(　!confirm(　"削除しますか?"　) ) return false;
					});
				});
				</script>
			';
		}
	 }
}

参考

• admin_headを特定のページでのみ使用するにはhook_suffixを知るべし

if( isset( $_GET[ 'post_status' ] ) && $_GET[ 'post_status' ] == 'trash' ) {
の部分でゴミ箱のページかどうか判別しているのでごっそりifのブロックを外せばいけるかもしれませんが、jQueryの記述は見直す必要があるかもしれませんのでそのあたりはご確認下さい（完全に削除するのリンクのcssのクラス名など）