とりあえずですが、、、
wp-include/formatting.php
188行目を以下のように変更、HTML5のタグを追加しました。
一応sectionなど、よく使うタグは変換されないようになったようです。
// $allblocks = '(?:table|thead|tfoot|caption|col|colgroup|tbody|tr|td|th|div|dl|dd|dt|ul|ol|li|pre|select|option|form|map|area|blockquote|address|math|style|input|p|h[1-6]|hr|fieldset|legend)';
$allblocks = '(?:table|thead|tfoot|caption|col|colgroup|tbody|tr|td|th|div|dl|dd|dt|ul|ol|li|pre|select|option|form|map|area|blockquote|address|math|style|input|p|h[1-6]|hr|fieldset|legend|section|article|nav|header|footer|hgroup|aside|figure|figcaption|canvas)';
brタグは<br />ではなく<br>にしたいんですが、
そうなると、相当量の変更点が出そうな感じですね。。。
(HTML5ではHTMLモードとXHTMLモードがあり、Content-Typeヘッダのtext/htmlとapplication/xml+xhtmlで区別します。
W3C HTML5)