投稿記事のカテゴリの並び順について

「Stacker Lite」のテーマでは get_category_link( $category ) で $category->name と名前順に呼び出しているからです。

デフォルトはIDを取得していますよね。親カテゴリと子カテゴリが全てにペアになっているなら、それぞれを取得させる考えもできると思います。
そうすれば、投稿が子カテゴリを複数持っていても表示されるので有用かもしれない。

投稿が親カテゴリだけで子カテゴリを持たない場合があれば、ifで判定させるプロセスを前に置く必要が出てくるでしょう。

テーマ作者はどういうシチュエーションで使用されるかを想定して設計するでしょうから、メタ情報の配置には悩みどころでしょうね。