指定していない上位カテゴリーへの投稿表示

記事の投稿について相談させて下さい。

パンくずなどでカテゴリー内の投稿を表示させた時、カテゴリー指定していない上位カテゴリーに表示されてしまう投稿があります。

一旦上位カテゴリーを指定・保存　⇒　上位カテゴリー指定を解除

を行っても変わりません。

また、管理画面の『カテゴリー』では、該当する上位カテゴリーには『投稿０』となっています。

何かいい改善策（というかチェックすべき項目）がありましたらご教授下さい。

使用状況としましては、

wordpress3.1
Xサーバー

で使用しています。

宜しくお願いします。