数万件のユーザーの管理（一括登録・削除）

お世話になってます。

会員サイトを運用する中で、毎月新規ユーザーの登録と、退会ユーザーの削除の作業があります。

毎回、ユーザーを丸ごと入れ替えているのですが、数万件一気に作業すると、「PHPの処理が固まっているように見えて、でも実は裏でずっと処理し続けていて、いつの間にか終わっている」という状態になります。

なにかいい方法はないでしょうか。
それとも、そもそも数万件を一気に処理しているのが良くないのでしょうか。

ユーザーの持つ情報は最低限で、ID・パスワード・メールアドレスです。
メールアドレスはサイトの運用ルール上は不要ですが、プラグインを使いたいがために入れています。

使用中のプラグインは以下の通りです。

Import and export users and customers

会員サイトを運用している方はみなさんどうやっているのでしょうか。
なにかいい方法があれば教えていただきたいです。
よろしくお願いします。