最初からあるthemesは削除しても良いでしょうか。

結論から言えば、使用していないテーマを削除しても問題はありません。
削除した場合、twentytenやtwentyelevenを親とした子テーマも使用できなくなります。

しかし、これから先、使用しているテーマで問題が発生した際に原因を突き止める為に残しておいたほうが良いです。
使用しているテーマが原因の問題なのか、使用しているテーマとプラグインの組み合わせによるものなのか、あるいは他の要因なのか等々を切り分けるのに検証用として利用することがあります。

もちろん削除して、その都度twentytenやtwentyelevenをインストールし直してもいいのですが、容量を圧迫するほどのデータ量ではありませんし、削除するメリットはそれほど無いように思えます。