検索結果表示ページの件数を制御したい

twenty ten のテーマを使っているのですが、
検索結果表示ページで、表示件数を制御したいと思い、

loop.php

の５６行目にある、
ループ開始

<?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>

の前に、

<?php query_posts( 'posts_per_page=3');?>

と入れると、
検索結果そのものがおかしくなってしまします。
検索語とはまったく関係のない記事を表示させるようになってしまします。

どのように表示件数を制御すればよいのかわかりません。

よろしくお願いします。