特定のユーザーが投稿した記事だけコメント不許可

WordPress 全体の設定よりも投稿の設定が優先されますので、もし投稿で「コメントを許可」にチェックが入っていない場合、コメントは付けられないと思います。

WordPress 全体の設定は、投稿のコメント許可設定にデフォルトでチェックを入れるか入れないかを指定します。なので、公開/保存した時にチェックが入っていないというのがおかしいような気がします。