空白を削除したいのですが……

＞nobitaさん
ありがとうございます。
フィルタフックを組んだら、月別アーカイブの一覧のHTMLが思い通りに出力されるようになりました。

liタグの前のインデントが削除されませんでしたが、これはソースコードのgeneral-template.phpの

if ('link' == $format)
		$link_html = "\t<link rel='archives' title='" . esc_attr( $text ) . "' href='$url' />\n";
	elseif ('option' == $format)
		$link_html = "\t<option value='$url'>$before $text $after</option>\n";
	elseif ('html' == $format)
		$link_html = "\t<li>$before<a href='$url'>$text</a>$after</li>\n";
	else // custom
		$link_html = "\t$before<a href='$url'>$text</a>$after\n";

を直接いじるしかないのでしょうか。

また、wp_list_categories()ですが、元となるウィジェットでは

<?php
$cat_args['title_li'] = '';
wp_list_categories( apply_filters( 'widget_categories_args', $cat_args ) );
?>

と表記されていて、echo falseにする術がわかりません。こちらもよろしくお願いします。

あれからいじってみましたが、walkerクラスなどを編集し直さないとならないらしく、そこまで手がまわらないので、プラグインを入れて対処することにしました。
本当に返答頂いて非常に申し訳ありません。解決済みにして閉じます。

追記です。

テーマを使っていておかしいと思ったところは、制作者の人と相談してなんとか見栄えを整える事が出来ました。
（idの重複については、検索ボックスを統一することで解決しました）

コード整形ですが、wp_get_archives周りはソースコードを引っ張って一部の処理を変えただけのプラグインを作るしかありませんでした。
（フックをひとまとめにしようとしても、エラーばかりが出てうまく行きませんでした）

一方のカテゴリー周りは、色々と調べたらwalker周りの改造のやり方がわかったので、それを追加したのですが、もう少しスマートな方法がないのかなぁと難儀しています。
もしあればご指導願います。

a要素の閉じタグが、閉じliの後ろに来ているので、直しておいたほうがいいと思います。

こちらについては以下のとおりにして直しました。

<?php echo $before_widget; ?>
<?php if ( $title ) echo $before_title . $title . $after_title; ?>
<ul>
<?php while ( $r->have_posts() ) : $r->the_post(); ?>
<?php if ( !$show_date ) : ?>
<li><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php get_the_title() ? the_title() : the_ID(); ?></a></li>
<?php else : ?>
<li><a href="<?php the_permalink(); ?>"><?php get_the_title() ? the_title() : the_ID(); ?> <span class="post-date">(<?php echo get_the_date('m月d日'); ?>)</span></a></li>
<?php endif; ?>
<?php endwhile; ?>
</ul>
<?php echo $after_widget; ?>

としたことで、閉じliの後ろにaが来ていたバグが治りました。お騒がせしました。

そして現在ちょっと挑戦しているのがありまして……。

<div id="archives-2" class="widget widget_archive">
<h3 class="widgettitle">アーカイブ</h3>
<ul>
<li><a href="http://wanderer.netgamers.jp/2014/04/">2014年4月</a></li>
<li><a href="http://wanderer.netgamers.jp/2014/03/">2014年3月</a></li>
</ul>
</div>

のように出力しようとして、

<?php
		$archives = wp_get_archives(apply_filters('widget_archives_args', array (
					'type'            => 'monthly',
					'show_post_count' => $c,
					'echo'            => 0
				) ) );
		$archives_array = explode("\n",$archives);

		foreach( $archives_array as $archives ) {
			echo preg_replace('/<\/a>&nbsp;(\([0-9]*\))/', ' <span class="count">$1</span></a>', ltrim($archives));
			echo PHP_EOL;
		}
?>

と組んだのですが、

<ul>
<li><a href="http://wanderer.netgamers.jp/2014/04/">2014年4月</a></li>
<li><a href="http://wanderer.netgamers.jp/2014/03/">2014年3月</a></li>

</ul>

と表示されてしまいます。
これについては、EOLの位置をどこに持っていけばよろしいのでしょうか。
（この書き方を見つけたおかげで、わざわざソースコードからカスタム関数を引っ張らずに済みました！）

上のソースコードを貼り付けたら、見事に思い通りの表記になりました。
ありがとうございました！

コメントフォームのHTMLのインデントが気になってしまいますが、これはどのように対処したらよろしいでしょうか。それとも割りきってしまうべきなのでしょうか。
（もし、それについて別トピックで解決する必要があれば、そちらに移動します）

よろしくお願いします。