管理画面が更新されません

こんにちは、いつもお世話になっております。
自己解決できなかったので、質問させてください。

編集者権限でログインすると、
管理画面の左のメニューから固定ページと投稿の欄からカテゴリーが消えてしまいました。

これはもともと
functions.php
に自分で記述していたものです。

一度記述したものの、プラグインでできないかと思い、「User Role Editor」ともうひとつ（名前を忘れてしまいましたが…）ユーザー権限のプラグインを試しました。
最終的に、自分で書いたコードをfunctions.phpから消すことにしたのですが、消しても以前記述した挙動が残ったままになってしまいます。

試したこととしては、

・functions.phpの中身を空にして保存
（カスタム投稿タイプもfunctions.phpに記述していて、空にするとカスタム投稿はきちんと表示されなくなります。）
・使用しているプラグインの停止
・プラグインWP-Optimizeでデータベースの最適化
・プラグインPlugins Garbage Collectorで過去プラグインのデータベースを処理
・wp-adminディレクトリ、wp-includesディレクトリの差し替え

です。
それぞれ試しましたが変わりませんでした。

あと考えられるのは、データベースか、wp-comfig.phpか.htaccess、ぐらいしか思いつきません。
もしかしたら、手動でuploadをしたのでその時に変になったのかもしれません….debugにtrueを入れるとupdate-core.phpでnone objectがでてnoticeが表示されてしまいますので。

どなたか解決策をご存知でしたら教えてください。
よろしくお願いします。