複数サイト運用中のサーバでのルートディレクトリのHP設定

初めてこういった場に投稿します。
wordpress初心者です。いろいろ調べたのですがどうしようもなく行き詰ってしまい、お力をお借りできればと思います。
情報不足名点などありましたらご指摘ください。よろしくお願いします。

現在wordpressをサブディレクトリにインストールしたサイトをいくつか運用しております。
なお、サーバはWindowsサーバです。
＜例＞
　http://example.com/wp1
　http://example.com/wp2

今回ルートアドレスのサイトをリニューアルするため、サブディレクトリにwordpressをインストールしました。
　http://example.com/wp3
これをこちらを参考に
　http://example.com/
で表示されるように設定を行い、なんとか表示できるようになったのですが、以前からあったサブディレクトリ内で運用されているサイト（前述＜例＞）が表示されなくなってしまいしました。
web.configの書き込み権限をつけた後からおかしくなったように思います。
パーマリンク設定をしたままでは運用できないのでしょうか？

こういった運用が無理なら、ルートディレクトリに直接wordpressをインストールしてもいいのですが、おそらく同じ現象が起こるのではないかと思います。

ご助言いただければと思います。
よろしくお願いいたします。