親サイトにページャをつける

https://ja.wordpress.org/support/topic/%E3%83%9E%E3%83%AB%E3%83%81%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%A7%E5%AD%90%E3%82%B5%E3%82%A4%E3%83%88%E3%81%AE%E4%B8%80%E8%A6%A7%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%97%E3%81%9F%E3%81%84/

こちらの一覧表示という記事が一覧の作成について解決を促されるのではないでしょうか。

大変失礼ですが私の認識としてはページャというのはページングをする機能のことでページングとは複数ある内容について
１回の表示単位を区切ることで

１．１００項目あるものを、５項目１ページ単位で切り分けることを「ページング」　１～１００項目→１ページ（１～５）、２ページ（６～１０）
２．５項目の参照位置を移動したりさせたりすることを「ページ送り」　１ページから２ページに移動することの機能（１項目の次は６項目）
３．「ページ送り」をさせるものを「ページャ」　現在１ページを表示しているので２ページへのリンクを表示させるもの

このページャを作成するにあたって、ページングする元データをどこから持ってくるかによってかわると思うのですが
表示個数が表示対象分母より小さくかつ同一画面で表示をすることについてのご質問だったでしょうか。

上記にて紹介いたしましたリンク先はただ一覧を取得するに至るまでかと思いますのでページングが必要であれば
表示可能と判断した時点で変数に１ずつ追加して、規定値まで到達すると終了、$page 変数の受け取りなどで開始点と開始点+表示数の
ループを組む、などになるかと思いますが分母の取得方法によってページング方法の選択肢にご参考になればと思います。

現状、その50件全てが一覧されているのですか、12件表示はできているのですか。

まさにページャー単体が必要だったのですね。
当方物分かりが悪く受け答えの順序が逆になってしまい申し訳ございません。

抽出件数の整形がWordpress既成のものであればwp_link_pagesにてページャーが出るかと思うのですが
独自にループを組まれているのであれば、50件の形がどうなのかわかりませんが以下が参考になりませんでしょうか。

//$page;
//$店舗50件 = 50件分;
//仮に５０店舗を配列にしてそれを配列にいれていたら
//$店舗50件
//├店舗１array("店舗名","URL");
//├店舗２array("店舗名","URL");
//├店舗３array("店舗名","URL");
//└店舗４array("店舗名","URL");
//$iは０から５０未満（４９まで）を++（１ずつ加算）
for($i=0;$i<count($店舗50件);$i++){
//全件列挙
	表示　$店舗50件[$i]["店舗名"].$店舗50件[$i]["URL"];
}

//12毎ページング
//$page = 1; //1ページ目　ページ指定がない場合も1ページ目なので注意
//if($page==0){ $page = 1; }
//ページ送り個数
$pageNationCount = 12;
//ページスタート位置作成
$StartPageID = ($pageNationCount*($page-1));//1ページ目　0x12=0　2ページ目　1x12=12 ページ数-1なので
$End__PageID = ($pageNationCount*($page));//1ページ目　1x12=12　2ページ目　2x12=24
//1ページ目　0～11（12件）　2ページ目　12～23（12件）（数値は配列番号）
//終端数”未満”なので0起算～終端-1
for($i=$StartPageID;$i<$End__PageID;$i++){
//ページに相当する内容を表示
	表示　$店舗50件[$i]["店舗名"].$店舗50件[$i]["URL"];
}

またwp_queryの記述ですとoffset(開始点）を上記開始位置に合わせて１２件取得するとページングになるのではないでしょうか。

SQLを少なくしても大丈夫だと思うので子サイトの取得方法は変更されてはどうでしょうか。
SQLをご利用になられるのであれば私には変更の案があります。

<?php
$SQL_text = "";//文字形式が入る用途をしめした変数初期化
//抽出対象ID群作成
//2～48まで抜けなく順どおりなのでループで作成
for($i=2;$i<=48;$i++){
	$blog_id_arr[] = $i;
}
//次の値があるかどうか確認用だと思いますが
//次があるかどうかはforでカウント＝現在位置
//リミットを配列数にすると固定値保持の必要がないので不要
//$tmp = $blog_id_arr;

//作成した抽出対象配列の個数分循環
//未満として一つ減らすのは0起算で「個数分＝50、0起算で50カウント＝末尾49」のため
for($i=0;$i<count($blog_id_arr);$i++){
//作成した配列の循環番号のブログを取得する
switch_to_blog($blog_id_arr[$i]);
//SQL構文
//全フィールド+ブログIDの番号を実数化した値を改名したフィールドに加え抽出
//全フィールド出力は必要でしょうか。あとブログIDを追加する必要もありますでしょうか
//構文は１行ずつにすると分岐などつけやすいと思います
$SQL_text .= "(SELECT *, $blog_id_arr[$i] as blog_id ";
//スイッチしたブログの投稿を代入してます？
$SQL_text .= "FROM $wpdb->posts ";
$SQL_text .= "WHERE post_type = 'page' ";
$SQL_text .= "AND post_status = 'publish');
//現在位置+1が準備した配列の個数よりも小さければ
if(count($blog_id_arr)>($i+1)){
//SQL抽出要件を連結する
$SQL_text .= "UNION\n";
} //循環おわり
//ブログを戻す
restore_current_blog();
}
$SQL_text .= "ORDER BY post_date DESC ";
$SQL_text .= "LIMIT 50 ";
//50連結したメタ投稿データクエリのようなものを実行しようとしていますが
//それだけの質量を並列で作業する必要がここにあるのか判断できません
$posts = $wpdb->get_results($SQL_text);
//あとこのクエリデータの結果から得られるID　すなわち最初に作成した変数と同じもので
//リスト作成循環を行い各子ブログを読み出しているように見えます。
//結果としてこの全行程＝各ブログIDの配列変数（$blog_id_arr）の作成と同義ではないでしょうか
?>

上記のSQLによる抽出がなくても以下だけで機能するかと思うのですが
当方マルチサイトを扱っていなくまたACFプラグインも使用しておりません。
大変申し訳ございませんがこちらでテストができていないので、文法的におかしなところがあるかもしれません。

//子サイト情報取得　これをそのまま循環して blog_id フィールドを取得しても大丈夫
$sub_sites = wp_get_sites(); 
foreach($sub_sites as $value_sub_sites){
	//各子ブログのIDを取得
	$blog_id_arr[] = $value_sub_sites["blog_id"];
}
//もしくは最上部と同じく手動で作成
//2～48まで抜けなく順どおりなのでループで作成
//手動で作成するとブログの増減に応じて手動で変更の要があるとおもいます
for($i=2;$i<=48;$i++){
	$blog_id_arr[] = $i;
}

//12毎ページング
//ページ指定がない場合も1ページ目なので代入
//if($page==0){ $page = 1; }
//ページ送り個数
$pageNationCount = 12;
//ページスタート位置作成
$StartPageID = ($pageNationCount*($page-1));//1ページ目　0x12=0　2ページ目　1x12=12 ページ数-1なので
//総ページカウントが指定ページ数のページング個数倍より大きい場合は
if(count($blog_id_arr)>($pageNationCount*$page)){
//ページ最後は指定個数
$End__PageID = ($pageNationCount*$page);//1ページ目　1x12=12　2ページ目　2x12=24
}else{
//ページングした末尾数値より準備変数量が少ない場合は代入
$End__PageID = count($blog_id_arr);
}
//このForがページング
for($i=$StartPageID;$i<$End__PageID;$i++){
	//各IDでブログ切り替え
    switch_to_blog($blog_id_arr[$i]);
?>
          <li>
          	<!-- IDでシフトした現在地サイトのリンク -->
            <a href="<?php the_permalink(); ?>">
<?php
//以下、現在地のサイト（子サイト情報）取得
//画像(返り値は「画像ID」)
$img = get_field('shop_images');
$imgurl = wp_get_attachment_image_src($img, 'full'); //サイズは自由に変更してね
if($imgurl){ ?>
<img src="<? echo $imgurl[0]; ?>" alt="">
<?php } ?>
				<!-- ふつうに現在地のブログタイトルを取得 -->
              <p class="list_name"><?php echo mb_substr(bloginfo(name), 0, 25); ?></p>
              <p class="list_version"><?php
$descripstion_text = mb_substr(get_field('shop_description'),0,30,'utf-8');
echo $descripstion_text.'...';
?></p>
              <p class="store_link"><?php the_field('shop_tag'); ?></p>
            </a>
          </li>
<?php restore_current_blog(); } ?>

<?php
//そしてページャ
//$page　の値とページングカウントの総数で有無を確認して出力
//ページはURLの末尾に数字が入っているとワードプレスが取得して
//グローバルスコープで扱えます
$Paging_UP = "";
$Paging_DOWN = "";
if($page){ if(is_numeric($page)){ if($page>1){ $StargPosition = (($page-1)*$pageNationCount); }}else{ $StargPosition = 0; }}
if($page>1){ $nextPageNum = ($page+1); }else{ $nextPageNum = 2; }
if($EndPosition>(count($blog_id_arr)+$pageNationCount)){ $Paging_UP = "<a href=\"".get_the_permalink().$nextPageNum."/\">NEXT＞＞</a>"; }
//１ページ目がパラメータ有無どちらでも稼働するので、１になるときのプレビアスは別に整形
if($page>2){ $Paging_DOWN = "<a href=\"".get_the_permalink().($page-1)."/\">＜＜PREV</a>"; }else
if($page>1){ $Paging_DOWN = "<a href=\"".get_the_permalink()."\">＜＜PREV</a>"; }

//ページャ描画
//戻るがあれば戻る表示
echo $Paging_DOWN = "";
//次があれば次表示
echo $Paging_UP;
?>

２回ほど修正した記事を投稿したのですがあまり繰り返すと消えてしまうのでもうこのままでおきます。
不良個所ございますかと思いますが参考程度にいただけると幸いです。