言語とタイムゾーンが一部おかしい

php5.3/WP4.98
同条件のサーバー内にWP２つ入れています（テスト用と公開用）
これが、一部おかしい挙動をしていて、どこを調べるべきかをご相談させてください。
設定画面で　日本語設定、日本時間　で設定しています。
ところが一部のプラグインが更新しても、再度プラグインインストールしても、
一方だけで日本語にはならず、タイムゾーンもおかしいです（現状確認してるのはWp　control）
（WP-Cron イベント画面の表下部に表示されてる現在時間が、一方が正しい時間で、もう一方が9時間進んでる）

日本語の件は、入っていなかった翻訳ファイルを手動で/wp-content/languages/plugins/～に入れれば直りました。
これは根本的に日本語/日本時間に設定していても何かがおかしいということだとは思うのですが、
現状原因がよくわかっていません。（わからないのは別のプラグインは言語時間帯とも問題なく更新されているという状況です）

以上、確認すべき部分など、思い当たる何かあれば教えて頂けると幸いです。