記事のタイトルをカスタムフィールドの値に差し替えたい

表示する箇所毎に $post->ID を上手く取得出来れば、表示箇所毎に正しく動作するのかなと思いますが、いい方法がわかりません。

the_title フックには第二引数で投稿のIDが取れるので、

add_filter('the_title','replace_title',10,2);
function replace_title($title,$id){
	$replace_title = get_post_meta($id,'replace_title',true);
	if ( $replace_title ) {
		$title = $replace_title;
	}
	return $title;
}

でいけるのではないでしょうか。