記事の上部や下部に表示されるカテゴリの並び替え

記事の上部や下部にその記事の属するカテゴリが表示されますが

テーマによって違うと思うのですよね;)

どのテーマをお使いですか？テーマの配布先も同時にご提示していただくといいと思いますよ。

ちなみに、

複数のカテゴリの順番を任意に

は、基準がないと並べ替えようがありません。例えばあらかじめカテゴリに番号を振るとか？
複数のカテゴリに属している場合は特に、カテゴリに優先順位がなければ並び替えは無理ですよね？基準をどうしたいのかもご提示してくださいね。