記事を公開順やタイトル順等で制御したい。

お世話になります。
以前下記の「サブカテゴリーに属している場合、特定の画像を表示させた上、カテゴリー自体の並び順も制御したい」
http://ja.forums.wordpress.org/topic/4764?replies=5
よりご質問させて頂いたのですが、これに付け加え、記事自体も並び順を制御したいのです。

現在のソースは下記の通りです。

<?php
global $wpdb, $post;
$posts = (array) $wpdb->get_results("
  SELECT $wpdb->posts.*
  FROM $wpdb->posts
    INNER JOIN $wpdb->term_relationships ON ($wpdb->posts.ID = $wpdb->term_relationships.object_id)
    INNER JOIN $wpdb->term_taxonomy ON ($wpdb->term_relationships.term_taxonomy_id = $wpdb->term_taxonomy.term_taxonomy_id)
  WHERE $wpdb->term_taxonomy.taxonomy = 'category'
    AND $wpdb->term_taxonomy.term_id IN ( 3, 4, 6 )
  GROUP BY $wpdb->posts.ID
  ORDER BY COUNT($wpdb->posts.ID) DESC
");
foreach ( $posts as $post ) {
  ?>
  <div class="list-box">
  <a href="<?php the_permalink() ?>">
  <img src="<?php echo get_post_meta($post->ID,'faceimage',TRUE); ?>" alt="<?php the_title(); ?>" width="141" height="141" />
  </a>
  <p class="name"><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></p>
  <p class="size"><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php echo get_post_meta( $post->ID, 'textfield', true); ?></a></p>
  <?php
  foreach( get_the_category() as $cat )
    switch( $cat->term_id ) {
      case 4:
        ?>
        <div class="ico-on">
<a href="<?php the_permalink() ?>">
<img src="hogehoge.jpg" alt="本日出勤" />
</a>
        </div>
        <?php
	break;
      case 6:
        ?>
        <div class="ico-new">
<a href="<?php the_permalink() ?>">
          <img src="hogehoge2.jpg" alt="NEW" />
</a>
        </div>
        <?php
	break;
    }
  ?></div><?php
}
?>

表示順を変更できるプラグイン
http://www.bizmemowp.com/wordpress-biz384
などと、探せるだけ探しテストしてみたのですが、
どれも反応せず困っています。

フォーラム等でも「query_posts」を使用すると表示順を入れ替えられるという
内容が多々ありましたが、上記ソースの場合どこに入れればいいのかが分かりません。
また他にもclasses.phpを触ればよいのかとか。。。

「サブカテゴリーに属している場合、特定の画像を表示させた上、カテゴリー自体の並び順も制御したい」　←　に加え、「記事の並び順自体も制御する」等と、とても無理な事かもしれませんが、
もし方法があればご教授頂けたらと思います。

大変おこがましいお願いかもしれまんせんが、
どうぞよろしくお願い致します。