2階層のカテゴリーでパーマリンクが複数出力されるのを統一したい

記事を親カテゴリと小カテゴリに紐付けています（本来小カテゴリだけでもOKなのですが、特定プラグインの関係で双方に紐付けておく必要があるという事情があります）。

この状態でパーマリンクをカスタム構造で以下のように設定しています。

/%category%/%postname%/

すると、記事が複数のURLで出力されることがあります（重複コンテンツとなる）。
具体的には、/%category%/%postname%/ が以下のようになります。

/親カテゴリ/%postname%/
/親カテゴリ/小カテゴリ/%postname%/

このパーマリンク部分は何かうまい指定方法はないものでしょうか？カスタム構造の%category%を親子（もしくは孫なども）含めて指定できるといいのですが。。。

現在の所は対処方法が見つからないので検索エンジン用のcanonical属性を加えて対応しようと考えていますが、良い方法をご存知の方おられましたら是非ご教授下さい。