２つのサーバーの更新箇所のみ移行したい

先方のサーバー（さくらサーバー）と当方のサーバー（エックスサーバー）に
同じサイトがアップされています。（ドメインは違います）

当方のサーバー（エックスサーバー）で修正・確認後、先方のサーバー（さくらサーバー）に
再アップする事になりました。
先方のサーバー（さくらサーバー）内を一旦全て削除して、全てのファイルを再アップしなければならないのでしょうか。

先方に出向いての作業になる為、
できれば、必要な箇所のみのアップで済ませたいと思っています。

当方のサーバー（エックスサーバー）で修正した箇所は以下になります。
・テンプレートファイル（heaer.php footer.php front-page.php）
・スタイルシート（style.css）
・固定頁・投稿頁
・プラグイン
　・All in One SEO Pack（投稿頁のタイトル・説明・キーワードを追加）
　・カスタムフィールドテンプレート（設定の変更）

なるべく簡単に移行できる手順を教えていただけると非常に助かります。
よろしくお願いします。