「ネットショップ管理プラグイン」を入れるとページ送りができなくなる

お世話になります。
現在手掛けているサイトで、以下の問題が発生しています。よろしければ、解決策を導いていただければ幸いです。

ネットショップを含むコーポレートサイトを制作しています。
該当のサイトは「カスタム投稿タイプ」を使用して“新着情報”、“ショップからのお知らせ”、“スタッフブログ”をそれぞれ投稿できるようにしてあります。
カスタム投稿タイプに、月別アーカイブが正常に動作しない、などのバグがあるのは承知の上ですが、今回は「月別アーカイブは使用しない」したのでスルーしました。
じつは、問題はカスタム投稿タイプではなく、別のところにあります。

そのサイトでは「ネットショップ管理プラグイン」を使用してショッピングカートを実装する予定なのですが、これを実装すると、
ブログのページ送りができずに404エラーが発生してしまいます。実装前はカスタム投稿タイプのブログでも、もともとの「投稿」のブログでもきちんと動作していたものが、ネットショッププラグインを導入することで、ページナビをクリックすると「ページが見つからない」と返されてしまうのです。

なお、条件によってはカスタム投稿タイプでページ送りができないというバグも承知しており、これは”Custom Post Permalinks”プラグインを入れることで解決していました。しかしその後「ネットショップ管理プラグイン」を入れることでページ送りができなくなり、このプラグインを無効にしても状況は変わりません。

以上、長くなりましたが解決策を探っております。よろしくお願いいたします。