アイキャッチ自動挿入がOFFになりません。

「VK All in One Expansion Unit」は「Lightning（ライトニング）」と合わせて使うのベストなので、テーマや functions.php をカスタマイズしている、あるいは、追加するプラグインで思い通りに動作しないことがあるでしょう。使用中のテーマやプラグインで Bootstrap をベースにした場合は起こりえます。

「記事内(固定・投稿ページそれぞれ)のみアイキャッチ画像を非表示にする方法」というのは、サムネイルが各ページに有効になっているからでしょう。

ご自身で用意されたテーマならわかってのことと思います。テーマの作成が簡易になるのでBootstrapを使うことは優位です。『Bootstrapをベースにしない』ではなく、「VK All in One Expansion Unit」は、このBootstrapを利用しているので、テーマでも利用しているとお互いが干渉します。Bootstrapがベースになっているかどうかは、リンクしているのでわかります。

「VK All in One Expansion Unit」の「アイキャッチ自動挿入」の設定は、記事本文の最初にサムネイルを追加することを拡張する機能ですね。

影響の少ないテーマといったら、「Lightning（ライトニング）」と合わせて使うのが最善である爆開発されているので、そのセットで利用するのが将来性はあるのではないかしら。影響が少ないテーマを合わせても、仕様変更でそぐわなくなることもあるでしょうし、Bootstrapを使っていないテーマはクラシックだといえるでしょう。
「VK All in One Expansion Unit」の「アイキャッチ自動挿入」を必要としないなど。このプラグインがどのくらい重要なのですか。併用するプラグインがBootstrapを使っているケースにも遭遇しますよ。

サムネイルが必要でないのなら、アイキャッチを設定しないといいだけだし、サムネイルを除外してしまうと良いでしょう。

veu_autoEyeCatchBoxは、@kach144がされる原因調査とは今のところ関連がありません。