アップデート時のパーミッション設定とWPのバージョン

お世話になっております。
今回3.5.1からアップデートを行いたいと考えています。

その際wp-config.phpやhtaccessなどのパーミッションの設定を変えていると
エラーが発生する可能性はありますでしょうか。

以前セキュリティ強化のため上記ファイルを
Wp-config.php　: 400
htaccess : 404
に設定しました。
（その他ディレクトリをいじったかどうかちょっと覚えておりませんがセキュリティでパーミッションを変更している可能性のディレクトリがありましたら合わせてご教示いただければ幸いです。）

アップデートの際は下記ページの
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%83%91%E3%83%BC%E3%83%9F%E3%83%83%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%81%AE%E5%A4%89%E6%9B%B4
「wordpressでのパーミッション構成」に合わせたほうが良いのでしょうか。

またアップデートテストを3.6.2で行ったのですが
3.6.2にアップデートするにはwp丸ごと再インストールしかないのでしょうか。

ご教示いただけましたら幸いです。