追記
初心者なのでよくは分かりませんが、Executable PHP widgetを使うとおかしな表示の仕方をしたりします。たとえば配布されてるテーマを使ったときのウィジェット関連とか。レイアウトが崩れたり、テーマで検索とかの位置が指定されてる時普通は検索は1つしか表示されないのに検索が2つ表示されたり。（テーマ内で指定されてる場所とサイドバーの2つ）
いろいろとトラブルがあるので変わりのプラグインも並行して探してます。
どうぞよろしくお願いします。
Lynn.o_o.さん、こんにちは。
Executable PHP widgetの配布サイトを見ると、真っ先に書いてあるのですが、「2.5以上では動きません。2.5以上の対応が必要な場合はhttp://wordpress.org/extend/plugins/php-code-widget/を見てね。」とあります。
それとトラブっている、Executable PHP widgetの情報ですが、optionsテーブルにwidget_execphpというoption_nameで保存されている様です。不要ならば、phpMyAdminからレコード毎削除すれば直るかと思います。
