カスタムタクソノミーアーカイブページのURLが存在しなくなる

CPT UIとCustom Post Type Permalinks 使用で、
下記のようなカスタム投稿タイプを4つ設定しています。

カスタム投稿タイプ：case
カスタムタクソノミー：case_category
ターム：case_01、case_02…

前任者が制作後、長らくアップデートされていなかったサイトで、
以下のようにアップデートしました。

WordPress 4.2.19→4.9.3
CPT UI 1.1.2→1.5.6
Custom Post Type Permalinks 1.0.5→3.1.5

1）カスタムタクソノミーアーカイブページのURLが、
xxxx.com/case/case_category/case_01/
と、
xxxx.com/case_category/case_01/
の2つ存在しています。
これは正しい状態でしょうか。

2）WordPressとプラグインアップデートの後、
4つのカスタム投稿タイプのうち1つだけ
xxxx.com/case/case_category/case_01/
が存在しなくなり
xxxx.com/case_category/case_01/
のみになりました。
（他のカスタム投稿タイプは2つのURLが存在しています。）

Custom Post Type Permalinksを1.0.5に戻すと、2つのURLに戻ります。

xxxx.com/case/case_category/case_01/の形で使用したいので困っています。
プラグインが古すぎるのも不安なので、どうすれば3.1.5でこの形を復活させることができるでしょうか。

パーマリンク設定は以下の通りです。

共通設定：カスタム構造　xxxx.com/%category%/%postname%/
オプション：カテゴリーベース・タグベース　空白
カスタム投稿タイプのパーマリンク設定：
xxxx.com/news/%postname%/
カスタマイズされたカスタムタクソノミーのパーマリンクを使用する。：オン
カスタムタクソノミーのアーカイブに、 post_type クエリーを追加。：オフ

wordpressの経験が無いまま、前任者が制作したサイトを勉強しながら手探りで更新しています。
検索して切り貼りしているレベルです。
検索しても同じ状況を見つけられなかったので質門させていただきました。
初心者で申し訳ないですが、よろしくお願いいたします。