カスタムテンプレート　ページテンプレートのCSSが反映されない

aruzaiさん、こんにちは。

ごく一部のスタイルが反映されません。

一部が反映されないと言うのであれば、ファイル自体は読み込まれているということになります。
一部が反映されない原因としては、多々考えられます。

• 該当部分のCSSセレクタの記述が適切でない。
• 該当部分の前述のcssのデリミタが記述されていない。
• cssファイルにマルチバイト文字があり、ファイルの文字コードが適切でなく文字化けとして認識されている。
• htmlの入れ子構造などがおかしくなっている。

再度、htmlのソースコードとcssの記述など確認されてみてはいかがでしょうか。