カスタムポストタイプで投稿した記事の個別記事表示、カテゴリー一覧表

こんにちは
個別記事の表示方法は挙げられている例で問題ないと思います。
どんなカスタム投稿タイプであれ基本的に個別記事が表示されるのはsingle.phpです。
もしカスタム投稿タイプごとに別々のテンプレートを読ませたいときは
single-{カスタム投稿タイプ名}.php
と書く事で別けることができます。hogeという投稿タイプならsingle-hoge.phpという感じです。

post_typeが変わってるので呼び込めていないのかな？と思ってます。

post_typeは記事をどのテンプレートから呼び出しても変わることはありません。
変わっているのはquery_postによって変更されたクエリの方です。

一覧の表示の件ですが、ここからは私の憶測が混じっており間違っている可能性もあるので話半分で聞いてください。

基本的に「カスタム投稿タイプ」とは、文字通り投稿タイプをカスタム（任意）なものでポストできるようにする機能です。なのでカテゴリー的な分類とはまた別な話なのです。
カテゴリー的な分類はカスタムタクソノミーが担当しています。もしカスタムタクソノミーを設定すればcategory.phpのかわりにtaxonomy.phpがその役割を果たします。

しかしカスタム投稿タイプだけを作り、カテゴリーやカスタムタクソノミーと関連付けていない状態で作られた記事は分類的な情報が何も無いので、自動で一覧が生成されないのだとおもいます。

でもやっぱり、「お知らせ」というカスタム投稿タイプを作り分類も必要としない単純なお知らせ一覧が欲しくなった時は今の状態では困りますよね。実は私もそうなんです。そこで私もいろいろと方法を探した末この記事を参考にすることで一応一覧はできました。
WordPress 3.0 カスタム投稿タイプの記事一覧表示 – 130単位

ただしデフォルトの機能ではなく力技的でテンプレートを切り替えているので、あまりスマートではないなぁと思ってます。どなたか他にいい方法があれば私にもご教授ください。