ギャラリーのデフォルトカラム値の変更（ver.4.0.1）

未確認ですが、こちらのコードをfunctions.phpに入れたらいけるかもです。
16、17行目を必要に応じて設定（or削除）されると良いかと思います。

https://gist.github.com/mjsdiaz/7204576

おそらくですね、管理画面での表示に関わらず、設定したカラム数などで表示されるフィルターだと思います。
管理画面でのカラムは3のままですが、公開ページは4カラムになってます。（WP4.1です）

私もお客さまのギャラリーをカスタマイズした際などに気になっていたところですので、調べました。
下記Gistご参照ください。

https://gist.github.com/Ikaring/69dbc55b8e75779d23ef

デフォルト値の設定は2箇所あって、ひとつがmedia-editor.js、ひとつがmedia.phpのgalleryショートコードの中になります。
前者が管理画面に影響し、後者が公開データに影響します。
デフォルト値が設定されている場合にはショートコードにcolumnsの属性が記述されないために、どちらか片方だけデフォルト値を変えると、管理画面では4列なのに公開ページでは3列みたいなことになってしまいました。

jsの値の上書きはprint_media_templatesアクションフックからjQueryを使用しています。

galleryショートコードはpost_galleryフィルターが用意されていますので、ほぼ丸々galleryショートコードをコピペして、カラムの設定値を4にしている感じです。