サイドバー背景色の変更の方法

こめんなさい。少し見落としていました。

どうしても背景色をかえると周りのマージン設定分が白くなってしまいます。

CSSで背景色を変えてもmargin部分は反映されないので、paddigで余白を調整するといいと思います。

#secondary {
	background: #004A8B;
	padding: 1.5em;
	width: 15.2% !important;
}
#secondary ul {
	padding-left: 1em;
}

みたいな感じで、paddingで調整するといいと思います。
#secondaryに両サイドのpaddingを入れると幅が大きくなりレイアウトが崩れるので、widthの値を調整してください。