サブディレクトリにインストールしてマルチサイト化

お世話になります。
独自ドメインで、WordPressを初めて利用するために、どのような設計にするかを考えておりますが、以下の点を教えて下さい。エックスサーバーです。

1.サブディレクトリexample.com/wp/　にWordPressをインストールしてマルチサイト化（サブディレクトリ型）した場合ですが、
example.com/wp/ を　example.com/ として見せる（表示させる）ためのindex.phpと.htaccessの変更や移動は、不都合、不具合を生じますか。

2.example.com/wp/　にWordPressをインストールするのは、サブディレクトリexample.com/abc/にも、別のWordPressをインストールしたいからです(1部サイトだけ使う機能が大きく違うため）。
ほかに良い方法があれば教えて下さい