サブディレクトリの削除でサーバーが落ちます。

以下の作業でWordPressサブディレクトリの削除が失敗します。

作業直後はトップの入れ替え自体は成功したかに見えますが、
一定時間（10〜20分程度）経つとサーバーが落ちます。

サブディレクトリの除去は一般的に行われる方法で行っています。

何が原因にかんがえられるでしょうか？
わかりずらいかもしれません。よろしくお願いします。

1　稼働中の静的サイト内の一部ディレクトリでWordPressサイトを作成

　　サイトトップ（静的ページ）
　　　｜→　ディレクトリA（静的ページ）
　　　｜→　ディレクトリB（静的ページ）
　　　｜→　ディレクトリC（WordPress）

2　サイトトップ（静的ページ）を削除

3　ディレクトリC（WordPress）のサブディレクトリを削除してサイトトップとした。