サーバーお引越しトラブル・管理画面を更新すると真っ白！

お世話になります。現状はタイトルの通り。同じような症状の方の質問を参考にあれこれやってみましたが、私のサイトは変化がありません。
プラグインは6つありますが、すべて有効化していません。

未来サーバーからさくらレンタルサーバーへお引越しをしました。
wordpressはこの時3.6、引っ越し後3.6.1に更新、独自ドメイン使用、自作テーマ使用です。

さくらのwordpressのダウンロード先は「home>ユーザー名>www>wp(wordpressのフォルダ名)>ルートフォルダ」となっています。

引越し手順はマニュアル通り、
1．DBのバックアップ(_optionsははずして)、FTPでファイル等バックアップ
2．さくらサーバーに新しくDBを作り（バックアップしたDBと同じ接頭語にして）、phpMyadminを開き、_option以外を削除、そこにバックアップしておいたのをアップロード
3．さくらサーバーに新たにwordpressを入れ（FTPで「home>ユーザー名>www>wp(wordpressのフォルダ名)とする）ここにマルッとアップロード（home>ユーザー名>www>wp>ルート(wp_admin、wp_content、など)）

＝＝この時点でドメインはさくらの初期ドメイン***.sakura.ne.jp＝＝

ドメイン変更(以前から使っている独自ドメイン）の為、「home>ユーザー名>www>wp>ルートフォルダ」のwwwの下に新しく独自ドメインのフォルダを作りその中にルートフォルダを作りました。

4．ドメインはお名前.comの管理下のもと（他者取得ドメイン）、以前のドメインが使えるようネームサーバー変更
パーミッション変更の為、ルートにあるindex.phpに
require('./example（引越し後にドメインのために作ったフォルダ）/wp-blog-header.php');
と書き加え、ルートフォルダの上の階層に置き（ルートフォルダには書き足し前のindex.phpを残す）、.htaccessもこの時一緒にルートフォルダから上の階層へ。

この時点でトップ画面は独自ドメインでもさくらの初期ドメインでも表示されますが、リンク（グローバルナビボタンやサイドバーメニュー）をクリックするとエラー表示。管理画面にはhttp://さくらのユーザー名.sakura.ne.jp/wp/wp-adminで入れますが、変更などを押すと真っ白に。

ルートフォルダに残した.htaccessを.htaccesと最後のsを取って影響しないようにしたらリンクは飛べるようになりました。

この時点でもまだ管理画面から更新できません。

少しレイアウトが崩れたようなので調整しようとしましたがcssがきいていない？
（外部cssでFTPにて操作)
ブラウザからソースを読んでみるとリンク先が
<link href="http://さくらのユーザー名.sakura.ne.jp/wp/wp-content/themes/自作テーマ/css/common.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="all" />
となっており、新しくドメイン名を作ったフォルダexampleではなく、初期のwpフォルダ下を表示していることがわかりました。（wpフォルダを一度削除したらやはりCSSがなくなり、HTMLだけの状態でブラウザにひょうじされました。その後、とりあえずの処置でwpフォルダをもどし、見れるようにしてあります）

管理画面からの更新もこれに関係しているのでしょうか？
このリンクを
<link href="http://独自ドメイン/example/wp-content/themes/自作テーマ/css/common.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="all" />
に変更する方法と、管理画面を正常に更新する方法を教えて下さい。

よろしくお願いいたします。