スマホ用に自動振り分けしたテーマでカスタムメニューは使用できるか

いつもお世話になっております。
PC用のテーマを使用して、カスタムメニューにて、グローバルメニューの設定をしています。

スマートフォンに対応させる事になり、既存のテーマとは別にスマートフォン用のテーマを
用意しました。プラグインを使用し、user agentで振り分けしています。

このスマートフォン用のテーマも、カスタムメニューに対応しているのですが、PC用の
メニューと同じものが表示されてしまいます。スマホでは別のカスタムメニューを表示させたいと
考えております。

そもそもメインテーマはPC用のメニューになっているので、テーマからスマホ用の設定を行う事が出来ません。
何かいい方法はありませんでしょうか？

よろしくお願いいたします。