タグクラウドに使用していないタグ（0件ポスト）が現れる

わかる方がいらしたら教えてください。

現在サイトのリニューアル中でタグで管理していたポストを一部、カスタムタクソノミーに変更、一部はそのままにしました。

タグクラウドを使って、使用タグの一覧を表示させてようとしていますが、一覧のなかには現在使用しているタグと同時に、すでにタグではなくカスタムタクソノミーに変更したものが含まれており、それをクリックするとタグアーカイブで0件表示になります。

おかしなことにタグクラウド中のタグをマウスオーバーすると件数が表示されますが、そこには実際はタグアーカイブで0件表示でも複数の件数が表示されます。タグクラウド内での優先順位もこれに即しているようです。この件数は不明で、キーワード検索でヒットする件数かと思ったので調べてみましたが似た件数ですが微妙に違うようでした。

Simple Tagsというプラグインのテンプレートタグ（st_tag_cloud()）を使っていますが、標準のwp_tag_cloudにしても同じ状況です。

どうかよろしくお願いします。