テーマが反映されず変更もカスタマイズもできない

テーマを変更しても反映されず、カスタマイズも反映されません。

以下の症状がブログに表れます。

・TOPページがIEで適切に表示さず、IEのタブには文字化けしたサイトタイトルが表示される。
(Firefoxなら適切に表示される)

・TOPページ下部にある「画像: 表示する | リンクにする」の”リンクにする”をクリックするとTOPページが適切に表示される。

・テンプレートを切り替え、カスタマイズが反映されない

・古い記事を見ると、プロフィールや人気記事の順位が過去の状態となる。

・人気記事のアイキャッチ画像が表示されない。
(表示されるページもある)

全プラグインを停止しても治らず、ブラウザのキャッシュを削除してもダメでした。

昨日までは特に異常はなかったのですが、今日プラグインのWordpress Popular Postsが適切に働いてなかったのでFFFTPでWordpress Popular Postsのバージョンをダウンさせたのですが、その際にFFFTPで何かミスをしたことが原因だと考えています。

具体的には”public_html/wp-content/plugins”のWordpress Popular Postsを削除したり、アップロードしたりしていました。それ以外には特にいじった記憶はないのですが・・・

解決策をどうかよろしくお願いします。