トップページ以外の全ページが見れなくなってしまいました。

トップページ以下、カテゴリページも含めてすべてのページが”無効なリンクです”という表示がでて、見ることが出来なくなってしまいました。。

原因として考えられるのは、.htaccessに下記のコードを追加したあとに不具合がおきてしまいました。

<Files ~ “^.(htaccess|htpasswd)$”>
deny from all
</Files>
Options -Indexes
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.domain\.com)(:80)? [NC]
RewriteRule ^(.*) ​http://domain.com/$1​ [R=301,L]
order deny,allow

現在は、、.htaccessファイルは削除してある状態で、トップページから検索ウィンドを使って出て来た、検索結果一覧ページだけは表示される状態です。

しかし、そこからどこかリンクをクリックすると、無効なリンクですという表示がでて、閲覧出来きません。

どかなた、解決方法をご存じでしょうか？
かなり困っておりますので、宜しくお願い致します。