パーマリンク設定で.htaccessが自動更新できません

パーマリンク設定で.htaccessが自動更新できなくて困っています。
環境は、WP3.0.1・XREAです。
初心者でつたない質問で申し訳ないですがよろしくお願いします。

.htaccessのパーミッションを777・707・666などに変えてみたのですが
どの設定でもうまくいきません。

◇現状やってみた作業———–

（1）
.htaccessの場所は自動でファイルが出来なかったので手動で
ドメイン直下のindex.phpと同じディレクトリに置きました。
（サブディレィレクトリにwordpressを配置したので、念のためサブディレクトリ内wp-config.phpと同じ階層にも置いてみましたが変化なしでした。）

（2）
mod_rewrite ルールを直接.htaccessに書き込んでみたら
パーマリンクは変更されて個別のページに反映されていました。

（3）
.htaccessは空だったので下記も記述してみましたが、変化なしでした。

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

◇—————————

また、管理画面のパーマリンク設定の画面に下記のエラーが出ています。

Warning: is_writable() [function.is-writable]: open_basedir restriction in effect. File(/) is not within the allowed path(s): (.:/virtual:/tmp:/usr/local/lib/php:/usr/local/php/bin) in /virtual/example/public_html/www.example.net/wordpress/wp-admin/options-permalink.php on line 141

Warning: is_writable() [function.is-writable]: open_basedir restriction in effect. File(/) is not within the allowed path(s): (.:/virtual:/tmp:/usr/local/lib/php:/usr/local/php/bin) in /virtual/example/public_html/www.example.net/wordpress/wp-admin/includes/misc.php on line 133

私の知識の範囲で調べたりしてみましたが、ここから先が
どう解決して良いかわかりません。
どなたかご回答おねがいします。