パーマリンク設定後のページ内リンクの変化？

パーマリンク（年と投稿名、/%year%/%postname%/）を設定したところ、記事の中のリンクURLがすべて以下のような形で表示されるようになってしまいました。

(その記事のURL)#(リンクURL)#
例)http://kenq.info/?p=494#http://spp.jst.go.jp/flow/planspp.html#

クリックしても同じページが表示されてしまい、リンクURLへ行くことができません。

これではまずいのでパーマリンクの設定をデフォルトに戻しましたが、記事のURLは変わるものの上記のようなリンクはそのままの状態になってしまっています。

どうすればこの状態を修正することができるのでしょうか。また、このような形にならず上記のパーマリンク設定を行うために何か方法があるようであればあわせてお教えください。