フィルターフックwp_handle_uploadでクッキーが取得できない

フィルターフックwp_handle_uploadで実行した関数の
中でクッキーが取得できず途方にくれています。

クッキーはボタンアクションを使いjqueryで追加しており
メディアアップローダも同じボタンアクションで起動しています。

フィルターフックwp_handle_uploadのコーデックを見ると
「ファイルをアップロードする際、アップロード情報に適用される。」

と記載されており、自分でもvar_dumpやechoを使ってテストしたところ
メディアアップローダー立ち上がる→ファイルを選択ボタンを押す→
ファイル選択ウィンドウ立ち上がる→開くボタンを押す→echo出力と
結果が得られているので、実行する順番は問題ないと思うのですが
クッキーを取得しようとするとできません。

以下ソースとなります。

jQueryソース

jQuery('#hoge').click(function() {//独自追加したカスタムフィールドのボタンが押されたら実行
	jQuery.cookie('bora',1);//クッキー追加※メディアアップローダ立ち上げの前に持ってきてみましたがだめでした
        jQuery('#hogehoge').addClass('image');
        formfield = jQuery('.image').attr('name');
        tb_show('', 'media-upload.php?type=image&TB_iframe=true');//メディアアップローダ起動
        return false;
}

その後functions.phpに実行が移り↓

add_filter('wp_handle_upload', 'mytheme_another_save_file');//メディアアップローダから画像を選択ボタンを押したとき実行
function mytheme_another_save_file($file) {
$bora = $_COOKIE["bora"];//クッキー取得
if($bora == 1){
echo "クッキー1の処理";
} else {
echo "クッキーそれ以外の処理";
}
//クッキーは独自追加した複数のカスタムフィールドを判別するために使用します。
//（どのカスタムフィールドから画像を上げたか）
//ですのでクッキーではなく変数でもかまわないのですが、jQuery.post、jQuery.ajaxでも
//テストしてみてもうまくいっていない状況です。
}

メディアアップローダが立ち上がっている最中、クッキーを取得したいのですが
そのあたりが無理なのでしょうか。
ボタンアクションが実行された時点でmedia-upload.phpを呼び出しているので
functions.phpからクッキーを取得しようとしても無理なのかと予想を立てましたが
打開策の見当も付かずまたこちらに書かせていただきました。

度々で誠に恐縮ですがご教授いただきましたら幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。

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