フッターの最新のコメントを削除したい

Sampression Lite というテーマであってますか？

テーマ編集で sidebar.php の

<section class="column one-third widget">
    <header class="widget-title"><?php _e('Recent Comments', 'sampression'); ?></header>
    <div class="widget-entry">
    <ul class="widget-commentlist">
	<?php
	$args = array(
		'status' => 'approve',
		'number' => '3'
	);
	$comments = get_comments($args);
 	foreach ($comments as $comment) {
        $url = '<a href="'. get_permalink($comment->comment_post_ID).'#comment-'.$comment->comment_ID .'" title="'.$comment->comment_author .' | '.get_the_title($comment->comment_post_ID).'">';
       echo '<li class="clearfix">';
       echo $url;
       echo get_avatar( $comment->comment_author_email, 25);
       echo '</a>';

       echo '<div class="cmt-txt">';
	    echo 'By ';
        echo $comment->comment_author;
		echo ': ';
		echo $url;
		echo substr($comment->comment_content,0,80). '...';
		echo '</a></div>';
        echo '</li>';
    }
?>
    </ul>
   <!-- .widget-commentlist-->
    </div>

    </section><!--.widget-->

までを削除か無効化すれば出なくなると思います。

テーマを初めて入れてみてザァッーっと検証してみただけなので、バックアップは忘れないで下さいね。

あとテーマがアップデートしたら元にもどるので、子テーマでオススメします。

FILTER BY の件ですが、トップページに表示されている中で Books は1記事だけですので 1記事しかヒットしないという事だと思います。（全記事をフィルターするのではない ということです）