マルチサイト機能を利用して、サブドメインだけでWPを運用したい。

現状の

http://example.com/

から

index.php

だけを抜いておけばよいのでは？

なるほど、じゃぁこういうのはどうでしょう？

最終的に

example.com - 別のサイトで使う
site1.example.com - WPの子サイト（マルチサイトで）
site2.example.com - 同様

となればよい訳ですからインストールするディレクトリを：

example.com/wp/ - WPのシステムを入れる
example.com/wp/site1/ - 子サイト用ディレクトリを掘っておく
example.com/wp/site2/

としておいて、
example.com/wp/site1/
に
site1.example.com
を割り振る…（サブドメイン方式で子サイトを構築した場合、ディレクトリがちゃんと読まれるかどうか未検証ですが）

ネットワーク設定インストールすればよろしいでしょうか？

やってみないとなんとも言えませんねぇ。httpd.confがいじれないとなるともしかしたらある程度のURL的な制限とか出来てしまうかも知れません。テスト環境を作って試してみるのが一番の近道だと思います。